我校法医学专业创办于1924年，由德国人欧本•海姆主持的同济大学医学院病理学馆，是我国最早开展法医学鉴定的单位，开创了在中国应用现代医学的技术和理论进行法医学鉴定的先河。1955年开展法医学教学，为53级医学系及卫生系学生首次开设法医学课程；1958年成立法医学教学小组，对外举办了全国首期法医学进修班；1978年招收病理学专业方向毒理病理学硕士研究生；1980的成立法医学教研室，1985年建立法医学系，被确定为首批设置法医学专业招收法医学专业本科生，是我国最早招收法医学本科生的六所卫生部部属医学院校之一。1991年获博士学位授予点。2002年经湖北省司法厅批准，成立了中南地区第一家司法鉴定中心——“湖北同济法医学司法鉴定中心”，构建了法医学的实践教学和研究平台。2010年1月通过“国家级实验室认证认可”，是华中地区的权威法医学司法鉴定机构，形成以同济法医学系为辐射中心的法医学实践教学与协同科研的网络平台。
我校法医学学科是湖北省重点学科，拥有《法医病理学》《法医毒理学》和《法医物证学》3门省级精品课程，建有19个校外教学实习基地，校外兼职教师60余人。培养各层次法医学专业人才遍及全国。为“最高人民法院”法医人才培训单位；湖北省家庭暴力伤情评定指定鉴定单位；武汉市公安交管局交通事故伤残程度评定指定鉴定单位；每年受理各类鉴定约4000例，为实践性教学与法医学创新、协作科研工作提供了宝贵而丰富的资源。2009年1月被湖北省司法厅授予“全省司法行政系统先进集体”；2009年12月被中华人民共和国司法部授予“全国司法鉴定先进集体”。
法医学系全系教师编制14人，有教授6人，副教授5人，讲师3人；其中有博士学位12人，博士后经历3人；享受国务院政府特殊津贴的专家4人；担任国家级学会主任1人、副任委员2人；省级学会副会长2人、专业委员会主任4人、副主任5人；为国家“十五”、“十一五”及“十二五”规划教材《法医毒理学》所有版次的主编单位；《法医病理学》所有版次的副主编单位，2005年两本教材分别获全国高等学校医药优秀教材三等奖和一等奖。全国规划教材《临床法医学》第三版主编、《法医物证学》第三版副主编单位。法医学系师资虽然人数少，但学历层次高，追随重点研究领域意识强，积极开展科学研究。近五年来，承担国家级科研项目12项，省部级科研项目35项。
目前，法医学系有硕士生专业方向有6个：法医病理学、法医毒理学、法医分子遗传学、法医毒物分析学、法医临床学、法医司法精神病；博士生专业方向有3个：法医病理学、法医毒理学、法医分子遗传学。主要从事死亡时间推断、心血管疾病猝死以及颅脑损伤等研究。其系列研究在国内处于领先水平，在同类医学院校中已成为标志性科研成果。对有毒动植物进行长期的实验病理学系列研究，包括粗制棉籽油、雷公藤、苍耳子、黄药子、斑蟊、鱼胆等。多项研究结果填补法医学的国内外空白，其研究成果除应用于法医学领域外，也被广泛用于中医学、药学、毒理学、职业病学等研究领域。开展了DNA遗传标记的群体遗传学及其在法医学个体识别与亲权鉴定中的应用研究；应用诱发电位仪在损伤性视觉、听觉、性功能障碍做了相关的基础研究、男子性功能障碍的诊断方法、视觉诱发电位测定客观视力（VEP视力）、脑损伤后智力变化等方面的研究处于国内领先地位。