教育科学研究院成立于2000年12月，是华中科技大学所属的教学与科研机构，前身为1980年10月创立的高等教育研究室。1985年6月13日高等教育研究室扩充改建为高等教育研究所，2000年12月16日高等教育研究所与校内国家大学生文化素质教育基地、全国学位与研究生教育发展中心武汉研究基地、《高等工程教育研究》杂志等单位合并，组建教育科学研究院。经过三十多年的建设和发展，学院在学科建设、科学研究、人才培养和社会服务等方面取得了长足的发展，已形成了“严要求、高起点、厚基础、求是、创新、重实践”的办学传统。
学院具有教育学、心理学一级学科硕士学位授予权和教育学一级学科博士学位授予权，设有高等教育学、教育经济与管理、课程与教学论、教育学原理、发展与教育心理学、教育技术学六个硕士点，高等教育学、教育经济与管理、教育学原理、教育博士四个博士点，设有教育学博士后流动站，是全国教育硕士专业学位培养单位。其中，高等教育学为国家重点学科，教育经济与管理为湖北省重点学科。学院目前有“院校发展研究中心”和“区域高等教育改革与发展研究中心”2个省级高校人文社会科学重点基地。学院根据社会需要培养学术型和专业型人才，目前在读硕士和博士研究生200余名，30多年来为国内外高等学校、教育管理部门以及相关机构输送了大批优秀人才。
教育科学研究院下设高等教育研究所、院校研究所、教育经济研究所、教育学研究所、心理学研究所、《高等教育研究》编辑部、《高等工程教育研究》编辑部等部门与机构，国家大学生文化素质教育基地、全国学位与研究教育发展中心武汉基地、校学位与研究生教育研究所挂靠教科院。
学院的主要任务是：研究高等教育理论、高等教育政策与高等教育管理、国际与比较教育、学位与研究生教育；研究基础教育理论与改革，研究大学生心理学、高等学校管理心理学等，推动我国高等教育学和教育学学科建设，培养高等教育、基础教育的理论工作者和实际工作者，培养公共管理（教育经济与管理）专业高级管理人才，培训高层次大学管理人员。
在新的历史时期，学院将以教育学一级学科建设为中心，以高等教育学和教育经济与管理为战略支点，建立基础宽厚、重点突出、特色鲜明、优势明显的教育学学科体系；形成以多层次、多规格、多类型研究生教育为主体，辅之以在职培训、岗位培训的人才培养格局；进一步完善人才培养、科学研究、社会服务的功能体系，将学院建设成为具有重要国际影响和引领我国教育改革与发展的教育科学研究中心、人才培养基地和决策咨询机构。